В августе 1989 года четверо музыкантов, скрывшись под нечестивыми псевдонимами: Captain Death (Spyros) (ударные; ex-Vomit и Sound Polution), Mutilator (Jim) (бас-гитара; ex-Rotting Christ), John (гитара; ex-Danger Cross) и Necroabyssious (Stephan) (вокал; ex-Sickness Mind) - объединили свои тёмные усилия под флагом Varathron. Итогом множества репетиций явилось легендарное демо "Procreation of the Unaltered Evil", записанное в октябре 1989 года. Запись была ужасного качества, зато очень богохульная. В те времена это было что-то особенное. Лента мгновенно привлекла к себе внимание.

В следующем году ушёл Captain Death и его место занял Themis (Rotting Christ). Дополнив состав вторым гитаристом Stavros, группа отправилась в студию записывать демо "Genesis of Apocryphal Desire". Месяц спустя настала очередь мини-альбома "One Step Beyond Dreams". Всего было выпущено тысяча дисков, каждый из которых был пронумерован вручную. Весь тираж был распродан в течение нескольких недель. Группе всего было три года отроду, когда она уже с полным правом могла называться культовой. Это было время легенд. Black Metal поднимал голову по всему миру. В Греции андерграунд рожал культовые релизы один за другим. Одним из таких релизов был сплит-альбом "Black Arts Lead To Everlasting Sins", который содержал материал групп Varathron и Necromantia.

Varathron с легкостью получили хороший контракт. Просмотрев множество достойных предложений, музыканты выбрали голландский лейбл Cyber Music Records, который в конце 1993 года выпустил дебютный полноформатный альбом под названием "His Majesty At The Swamp". Альбом был великолепен, настоящий шедевр. Он был записан за лето 1993 года с новыми участниками - единственным гитаристом Necroslaughter и драммером Wolfen.

Неожиданно из группы соскочил Mutilator, а за ним и Necroslaughter, уехавший в Австралию на ПМЖ, чтобы вместе с братом играть там в группах Agatus и Zemial.

Казалось, Varathron обескровлен и почти мёртв, но Necroabyssious - единственный оригинальный участник группы, нашел новых музыкантов. Отныне в группе играли Wolfen, Pyrphoros (гитары и бас, ex-Kawir), Adrastos (клавиши). Группа записала второй альбом - "Walpurgisnacht", выпущенный греческим Unisound Records. Материал был в лучших традициях мрачного блэка, который культивировал Varathron. Главной особенностью этого альбома стало участие клавишника в записи. Как следствие, звучание приобрело дополнительную глубину и атмосферность. К сожалению, реклама этого релиза оставляла желать лучшего.

В 1997 году лейбл Cursed Productions выпускает на дисках материал двух демо группы с тремя ранее неиздававшимися песнями в качестве бонуса.

Спустя два года группа получает контракт с крупным польским лейблом Pagan Records и приступает к студийной работе. Приступает, по традиции, в новом составе. Нового клавишника звали Bill, в андерграундных кругах он известен больше как Crazy Wizard. Результатом работы в студии стал мини-альбом "The Lament Of Gods". На диске содержалось 4 новые песни, а также кавер на песню "Nuns Have No Fun" группы Mercyful Fate. Все звучало очень блэк-металлически и атмосферно.

Вторым релизом Varathron на Pagan Records стало переиздание альбома "His Majesty At The Swamp" на диске и виниле с одним бонус-треком. Скопировано с Dark-World.ru. Практически одновременно с этим лэйбл Ordealis Records издает две ранних демо-записи группе на виниле, а лейбл Mutilation Records выпускает двойной диск с материалом обоих полноформатных альбомов группы и миньона "The Lament Of Gods". Вот так, не записав за три года ничего нового, Varathron обзавелись кучей релизов.

Впрочем, новый материал все-таки появился. Позже. Новый альбом также записывался в новом составе. Теперь гитарными и басовыми партиями заведовал Achilleas, а за барабанной установкой сидел некто Haris. Материал, который был записан осенью 2004 года, приобрел очертания альбома и был богохульно окрещен "Crowsregn". В декабре 2004 года он вышел на ныне не существующем греческом лэйбле Black Lotus Records, а спустя год был издан на виниле на польском лейбле Agonia Records. B начале 2006 года Varathron вновь начали давать концерты, впервые более чем за 10 лет.

В 2009 году альбом "Stygian Forces of Scorn" вышел на Die Todesrune Records как на CD, так и ограниченным тиражом в 500 экземпляров на виниле. В декабре того же года Varathron вместе с земляками Desolation выпустили сплит-альбом "Darkness Has Landed".

На данный момент идёт работа над новым полноформатным альбомом, получившим название "Untrodden Corridors of Hades". Его релиз намечен на 2013 год. В январе 2012 года выходит сборник "Genesis of the Unaltered Evil", куда вошли записи с первых демо, миньона "One Step Beyond Dreams" и сплита 1992 года. Также вышло издание с бонусным материалом.