В 2006 году Lord Kaiaphas, наиболее известный как бывший вокалист норвежской блэк-металл-группы Ancient, создал сольный проект под названием Thokkian Vortex. Он записал две песни и представил проект в интернете 06.06.2006 года. Вскоре после этого Kaiaphas подписал контракт с лейблом Sleaszy Rider Records на издание сплит-альбома под названием "The Saturnine Alliance" вместе с венгерской группой Aetherius Obscuritas. Этот диск был выпущен в 2007 году.

После этого Kaiaphas сочинил еще одну песню, "Into The Nagual". Будучи знакомым с Lord Ahriman из Dark Funeral по совместному туру с Ancient в 1997 году, он решил отправить ему демо-трек для записи гитар. Гитаристу настолько понравилось услышанное, что он пошел еще дальше, создавая новые риффы в дополнение к сочиненным Kaiaphas’ом.

В 2010 году Kaiaphas завершил еще один трек, "My Frostqueen", и опубликовал его в интернете для свободного скачивания. Два года спустя он приступил к работе над новыми песнями для Thokkian Vortex. Для записи гитары и баса он пригласил Scorpios (Crimson Moon, Melechesh), который также играл на басу в Ancient во время их тура по Европе в 1998 году вместе с Belphegor и Behemoth.

В 2013 году Kaiaphas решил записать и выпустить полноформатный альбом. В том же году он познакомился с гитаристом Zed Destructive из Winterhorde и предложил ему записать гитары для альбома. Басовые партии поделили между собой Mantus (Patria, Mysteriis), Scorpios и Vitan (друг Zed’а). Гостевые соло на альбоме записали также Dmitri Alperovich (Seventh Station) и Vargblod (Draugul, Khaospath). Скопировано с Dark-World.ru.

По предложению Zed’а Thokkian Vortex из студийного проекта превратился в полноценную группу к 2014 году. К ним присоединяется экс-барабанщик Winterhorde, Hesperus. В ночь на Хэллоуин этого же года формация отыграла материал с первого альбома. Вскоре после концерта Hesperus покинул группу и переехал в Лос-Анджелес. Вакантную позицию занял Uriel. Через некоторое время группу покинул Vitan.

В 2016 году долгожданный полноформатный альбом "Into The Nagual" вышел на шведском лейбле Unexploded Records. В это же время группа нашла постоянного басиста Sil’а и в 2017 году вернулась к концертной деятельности.