Putrefied была сформирована музыкантами Edwin (гитара; экс-Gutwrench, экс-Pentacle) и Toep (ударные; Consolation) в конце 1998 года с желанием играть очень тяжелый дэт-метал в духе нескольких американских представителей этого жанра. Первоначально группа называлась Skulldusk, но вскоре наименование было изменено на нынешнее. Начались поиски вокалиста и басиста, и после нескольких прослушиваний выбор пал на Marcel, который незамедлительно присоединился к группе в качестве фронтмена, а через некоторое время был найден бас-гитарист Pascal.

Все это происходило зимой 1999 года, когда Putrefied полностью утвердилась как группа. Во главу угла была поставлена цель создать чертовски жестокий дэт-метал. Скопировано с Dark-World.ru. Edwin и Toep уже написали восемь треков, так что музыканты были готовы дать первые концерты. В октябре 2000 по некоторым причинам покидает группу басист Pascal. К счастью, совсем скоро ему была найдена замена в лице Rein, который успел поучаствовать в нескольких других дэт-метал-коллективах. Парни начали репетировать, а в конце декабря 2000 приступили к записи дебютного миньона "Bodybits".

В июле 2001 года Edwin покинул группу из-за переезда в Германию, так что опять Putrefied пришлось искать нового участника. В августе новым гитаристом стал Michael Blokker. Парни решили взяться за еще более тяжелую музыку и направили свои силы на брутал-дэт-метал, для этого в качестве второго гитариста был включен Dennis Hartog, который когда-то играл в легендарной голландской трэш-метал-команде Lunatics Without Skateboards Inc.

Вскоре группа начинает работать над полноформатным альбомом "The Putrid Remains". Тем временем команда сокрушила несколько голландских сцен. Несколько месяцев спустя стало известно, что лейбл Sevared Records распродал все копии дисков "Bodybits" и "The Putrid Remains". В связи с этим компания предложила группе переиздать эти два релиза, объединив их в один альбом. Парни согласились заключить сделку, но для переиздания другого релиза - концертного альбома "Live, Plugged and Crushing".

В конце 2004 года было проведено пара концертов в Германии, Чехии и Словакии, также Putrefied выступила на нескольких фестивалях в Нидерландах. Наряду с этим музыканты успели записать трехтрековое промо с целью привлечь внимание крупных европейских лейблов. В марте 2006 группе было предложено присоединиться к европейскому турне команды Krisiun, которая совсем недавно выпустила новый альбом. Концерты были отыграны в Швейцарии, Франции, Испании и Англии в течение нескольких недель. Также музыканты выступили на фестивале Obscene Extreme в Чехии и провели несколько больших концертов с Sinister.

После всей этой череды гастролей группа в марте 2007 вошла в студию, чтобы записать второй полноформатник "Gore-ific", который в итоге вышел 15 мая 2008 года на лейбле Sevared Records. Затем группа на некоторое время взяла перерыв, а Toep и Dennis параллельно начали участвовать в прогрессив-рок-группе Profound с целью расширить свои музыкальные навыки. В марте 2011 стало известно, что Putrefied вновь активизировала свою деятельность.