Группа была образована в городе Энсхеде, Нидерланды, в середине 1980-х годов вокалистом и гитаристом Патриком Мамели, гитаристом Рэнди Мейнхардом и барабанщиком Марко Фоддисом. В этом составе были записаны два демо - "Dysentry" (1986) и с приходом в качестве вокалиста и басиста Мартина Ван Дрюнена - "The Penance" (1987). Обе записи были выдержаны в духе трэш-металла в стилистике, напоминающей Possessed и Sepultura периода альбома "Schizophrenia", и смогли привлечь внимание лейбла Roadrunner Records. После подписания контракта с лейблом, Pestilence выпускают свой первый полноценный альбом "Malleus Maleficarum" (1988), продолжая работать в направлении брутального трэша. Вскоре после выхода дебютной пластинки Мейнхард покидает группу и основывает свой трэш-коллектив Sacrosanct.

Вакантное место гитариста занимает Патрик Утервейк, с которым и записывается второй альбом "Consuming Impulse" (1989), ознаменовавший полный уход от трэша и обеспечивший Pestilence широкую известность среди фанатов дэт-метала. Тем временем Ван Дрюнен уходит из группы, чтобы присоединиться к Asphyx, и тем самым оставляет Pestilencе без басиста и вокалиста.

Для записи третьей пластинки Pestilence приглашают басиста Тони Чоя, в то время игравшего в Cynic. а вокал вновь берёт на себя Мамели. "Testimony of the Ancients" выходит в 1991 году и, будучи не столь жёстким, как предыдущие релизы, демонстрирует между тем растущий уровень профессионализма музыкантов. После июньского фестиваля Dynamo Open Air 1992 года, где Pestilence играли на одной сцене с Paradise Lost, Rollins Band, Prong и др., не являясь постоянным членом группы, Тони Чой покидает команду, присоединившись к Atheist, а на его место приходит Йерун Паул Тесселинг.

На всём протяжении своего развития Pestilence проявляла интерес к отличным от чистого металла стилям и направлениям, и материал четвёртого и альбома "Spheres" (1993) стал уникальным сплавом уже запатентованного дэт-метала и джаз-фьюжна с использованием гитарных синтезаторов. Избранное направление однако не устроило ни фанатов, ни начальство Roadrunner, и вскоре участники группы единогласно решили прекратить деятельность коллектива, решив, что "творческий пик" музыкальной карьеры группы был достигнут.

В 1994 году Roadrunner выпустили диск "Mind Reflections" - сборник лучших вещей группы, а в 2006 году лейбл Metal War Records выпустил концертный альбом "Chronicles of the Scourge", содержащий записи с двух выступлений группы в 1988 и 1989 годах.

В начале 2008 года фронтмен коллектива Патрик Мамели заявил на сайте blabbermouth.net о том, что "по просьбам фанатов" Pestilence возобновляют свою деятельность и пообещал, что новый материал будет "гораздо более техничным и брутальным, чем раньше". Помимо этого Мамели подчеркнул, что не намерен играть со старыми участниками Pestilence, отказываясь таким образом считать это реюнионом. В октябре вместе с Тони Чоем в качестве басиста и Питером Уилдором из Darkane за барабанами, Мамели записывает пятый альбом Pestilence "Resurrection Macabre", релиз которого состоялся 16 марта 2009 года.

В октябре 2009 года место басиста вновь занял Йерун Паул Тесселинг, с конца 2007 года также числящийся в немецкой дэт-металлической команде Obscura, а в декабре Мамели объявил, что по итогам организованных прослушиваний новым барабанщиком Pestilence стал Юма Ван Экелен, ранее игравший с нидерландскими дэт-коллективами The New Dominion и Brutus.

Без перерыва группа удалилась подальше от публики для того, чтобы начать новую студийную запись. В музыкальной начинке альбома доминирует восьмиструнная гитара, которую начали использовать Патрик Мамели и Патрик Утервийк. Это привнесло в песни брутальности, низкого звучания, что установило новый стандарт в экстремальной музыке. Скопировано с Dark-World.ru. "Восьмиструнные гитары открыли перед нами множество дверей. Это позволило использовать множество музыкальных возможностей и придать звуку брутальности и мощи. также это дало мне возможность начать петь в более высоком диапазоне, поскольку низкое пение "топило" бы голос в гитарных партиях. Мой голос звучит более напористо и интенсивно, чем когда-либо раньше", - говорит Патрик Мамели.

"Doctrine" обозначил новый состав группы, который теперь полностью голландский. Жероен Пол Тесселинг уже участвовал в записи альбома "Spheres" (1993). Новый альбом записывался и микшировался в студии Woodshed Studio при помощи инженера Виктора Буллока. 24 апреля 2011 года лейбл Mascot Records выпускает шестой полноформатный альбом "Doctrine". Далее группа отправляется в турне в поддержку релиза, в июне музыканты выступают в качестве поддержки Slayer на их концерте в Нидерландах.

В январе 2012 года группа выступает в Коста-Рике совместно с Dying Fetus. Происходят изменения в составе - новым бас-гитаристом становится Стефан Фиммерс, а за ударную установку садится Тим Йонг. С ними и начинается работа над новым альбомом. В 2013 году был заключен контракт с Candlelight Records для выпуска альбома, получившего название "Obsideo". 11 ноября, наконец, альбом был выпущен. В следующем году группа дает ряд концертов в поддержку новой работы. В том числе тур по Европе, Neurotic Deathfest, Lezard'Os Metal Fest. В июле на официальной Facebook-странице было опубликовано сообщение о прекращении деятельности группа. Это было связано с желанием Патрика Мамели сосредоточиться на новом проекте Necromorph.
Однако стало известно о том, что музыканты готовят полноформатный альбом, который планируют выпустить в 2017 году.