Проект Pathogen был сформирован в первые дни января 2001 года в апокалиптическом городе Сан-Пабло, Филиппины. Тогда у Willie Desamero (гитара, вокал) появилась идея создать дэт-метал-группу, которая будет играть музыку в стиле классических дэт-метал-групп конца 80-х - начала 90-х, при этом сочетая в себе различные экстремальные жанры музыки, такие как трэш, блэк, грайнд и дум, что поможет создать своё неповторимое звучание.

Вскоре Willie взял в свою группу Alex Alfonso (бас-гитара) и Allan Hernandez (ударные), в итоге первые репетиции и концерты осуществляются трио в их родном городе и его окрестностях. Второй гитарист Erwin Javier присоединился к составу Pathogen через три месяца, после чего группа записывает свою первую демо-ленту "Invoking Disease", которая была выпущена в июле 2001 года. Демо содержало в себе три трека, которые состояли из примитивных гитарных риффов и аранжировок, навеянные Tiamat и Celtic Frost. Pathogen начали распространение первого демо через андеграундную торговую сеть, и около 40-50 копий были удачно проданы. Скопировано с Dark-World.ru.

Pathogen были приглашены участвовать в нескольких компиляциях, таких как кассетный сборник журнала Metal Havoc и Maelstrom 666 Compilation, выпущенный на CD-r в Таиланде. После определенного периода бездействия из-за нестабильности в составе, длившегося с конца 2001 до середины 2002 года, происходят кадровые перестановки: Alex Alfonso и Allan Hernandez покидают Pathogen, а на их место приходят Erikk Calabia и Vic Jarlego. В обновленном составе музыканты приступают к сочинению второй демо-записи, "Into The Subconscious Void", которая была выпущена уже в 2004 году. Это демо получило большее распространение в андеграунде, чем "Invoking Disease". Релиз был встречен большим количеством хороших отзывов от поклонников метала и различных журналов. В 2005 году "Into The Subconscious Void" был переиздан бразильским лейблом Music Productions на кассетах, а в 2006-м - канадским лейблом Skull Fucking Metal Records с бонус-треками.

Планы по записи дебютного альбома удалось реализовать в 2007 году. Pathogen, сменив бас-гитариста Erikk Calabia на Nino Aranza, приступают к записи альбома, и уже в концу сентября 2007 года он выпускается собственными силами музыкантов в формате CD-r. В октябре, подобно химическому дождю, ничего не подозревающие слушатели андеграунда получают смертельную дозу музыки Pathogen, в результате чего дебютный альбом "Blasphemous Communion" получает большое признание среди поклонников. Позже альбом был издан в нескольких форматах по всему миру: на кассетах тиражом в 250 копий американским лейблом Carnal Sadist Productions, на виниле - немецким лейблом Iron Bonehead Productions, а в 2009 году запись была переиздана на компакт-дисках российским и украинским лейблами Wings of Destruction и Dead Center Productions.

В 2008 году записывается первый в истории коллектива сплит-альбом со старой филиппинской группой Brimstone In Fire, который издается в феврале 2009 года на таиландском лейбле Brute! Productions. Для Pathogen это было осуществлением мечты, поскольку Brimstone In Fire была одной из местных групп, которую Pathogen очень высоко ценили за их невероятную революционную и инновационную музыкальность и умопомрачительные песни.

Большую часть 2009 года Pathogen проводят в репетициях и за сочинением материала для второго полноформатного альбома "Miscreants Of Bloodlusting Aberrations", который был записан в сентябре-октябре 2009 года. На этом альбоме музыканты продемонстрировали более зрелое и мощное творчество, музыка объединила в себе разнообразные металические жанры, агрессию и техничность. Pathogen вели переговоры с несколькими лейблами о выпуске альбома, но все отказывались выпускать новый альбом. Единственные, кто решились на сотрудничество, был французский лейбл Satanized Productions, на котором второй альбом Pathogen выпускается в кассетном формате. Но это не до конца устраивало музыкантов, и они выпустили альбом собственными силами, что свидетельствовало об их верности старым традициям и преданности своим корням.

В 2012 году немецкий лейбл Dunkelheit Produktionen делает предложение музыкантам Pathogen издать второй альбом на компакт-дисках и виниловых пластинках, на что Pathogen, конечно же, соглашаются, и в 2013 году альбом "Miscreants Of Bloodlusting Aberrations" с новым оформлением поступает в продажу.

В период с 2010 по 2012 год был довольно интенсивным для Pathogen. После выпуска второго альбома Pathogen записывают три демо-ленты, которые стали своего рода предвестниками третьего полноформатника. В октябре 2012 года на польском лейбле Old Temple Records выходит третий альбом команды под названием "Forged In The Crucible Of Death". На этом альбоме чувствуется сильное влияние Celtic Frost, Hellhammer и Onslaught. После выхода этой работы состав Pathogen по личным причинам покидает гитарист Erwin Javier, но замена находится ему очень быстро в лице Jervish Alcos.

В начале 2013 года Pathogen выпускают сплит с соотечественниками Toxemia, а чуть позже - компиляцию "Lust of Evil", которая содержит в себе треки с демо-лент 2011-12 годов. После этого музыканты Pathogen приступили к сочинению новых композиций для будущего четвертого полноформатного альбома.