Pantheist образовалась в начале 2000 года в Бельгии в качестве one-man-проекта Костаса, к которому позже присоединился Николас. Поэкспериментировав с тёмной электронной музыкой, Костас и Николас обратили своё внимание к медленному и мрачному металлическому звучанию. В ноябре/декабре 2001 года Pantheist отправились в студию Templa Libitina, (принадлежащую дружественному музыканту Stijn van Cauter из Until Death Overtakes Me) где при участии сессионного басиста записали своё первое демо "1000 Years".

Демо-запись привлекла к себе внимание как других музыкантов, некоторые из которых позднее присоединились к группе, так и нескольких лейблов, в числе которых были Finnish Firebox Records, предложившие Pantheist контракт на два альбома. Уже в январе 2003-го группа отправилась в студию для записи своего первого альбома "O Solitude". Релиз заслужил мировое признание на андеграундной сцене, закрепив Pantheist как силу, с которой придётся считаться на всей думовой сцене.

Состоялись выступления в Западной Европе с такими коллективами, как Morgion, Evoken, Mourning Beloveth, Skepticism, While Heaven Wept, Esoteric и Until Death Overtakes Me.

В мае 2004 года Костас принял решение о переезде группы в Великобританию из-за больших расстояний до других участников. Группа превратилась, как в ранние времена, в студийный проект двух человек, однако Костас и Николас в скором времени нашли ещё двух талантливых музыкантов, Энди и Марка, в то время состоявших в Esoteric. В этом составе группа записала в студии The Lodge studios альбом "Amartia". Издание было выпущено в апреле 2005-го лейблом Firedoom и вывело звучание группы на новый уровень подавливающей эмоциональности с мистической атмосферой. После этого состав группы пополнился гитаристом Ильёй (Indesinence). Скопировано с Dark-World.ru.

В июне 2005 года Стергиос (The Lost Legion) присоединился к музыкантам в качестве барабанщика. За несколько месяцев до этого русский андеграундный лейбл Serpent’s Lair Productions связался с группой и предложил выпустить сочетание нового и старого перезаписанного материала. И уже в июле 2005 года Pantheist вновь отправились в Lounge Studios, где записали две новые продолжительные композиции. В это же время, кавер на Katatonia "For Funerals To Come" был записал в Priory Studios и сведён инженером Грегом Чендлером. Все эти треки были изданы в дополнение к прошедшему ремастеринг демо "1000 Years", а также концертному видео, отснятому в Бельгии в 2003-м. Получившийся в результате миньон "The Pains Of Sleep" стал разнообразным и последовательным сочетанием треков, иллюстрирующим все этапы истории группы.

С приходом гитариста Пита (Concept, For the Blind) Pantheist вновь начали свою концертную деятельность выступлениями в Великобритании, Бельгии и Нидерландах.

В 2008 году группа выпустила свой пятый релиз и третий для Firebox Records, который получил название "Journey through Lands Unknown", - результат 18 месяцев кропотливой работы и серьёзных музыкальных и духовных исследований. В музыкальном плане это был самый сложный альбом группы, тот, который демонстрировал отказ соответствовать ожиданиям. Ему удалось собрать многочисленные блестящие отзывы. Репутацию Pantheist как концертной группы ещё более укрепили несколько шоу по всей Великобритании и за рубежом, которые завершились во втором и очень успешном совместном туре со старыми друзьями Skepticism, поддерживаемых группой Ophis.

За эти годы Pantheist получили известность, чтобы участвовать в различных специальных мероприятиях. Они выступали с такими группами, как While Heaven Wept, Evoken и Blaze Bailey. Первое путешествие группы по восточной части Европы было в 2009 году. Это был мини-тур по Чехии и Польше в сопровождении польской underground-легенды Gallileous, а также они были приглашены для выступления в России на престижном Moscow Doom Fest в 2010 году.

Немногим позже, в апреле 2011 года, Pantheist выпустили свой четвёртый одноимённый альбом посредством Grau Records, с которым группа заключила контракт на три релиза. Этот новый сборник песен отражает саму группу и прогрессивные элементы, объединяет их в единое целое, где самоанализ и тяжёлые риффы идут рука об руку.

2 января 2011 года группа сообщила о том, что их пути с бас-гитаристом Марком разошлись, поскольку он решил переехать в Норвегию. Альбом завершали уже с Алексеем Обрадовичем (из De Profundis). Также группу покидает Илья Родригез. Летом музыканты побывали в туре в Финляндии, а в ноябре Pantheist стали хедлайнерами на голландском фестивале вместе с Before The Rain, Marche Funebre и A Dream of Poe.