Группа Fleshgod Apocalypse появилась на свет в апреле 2007 года. В состав новорожденного коллектива затесались участники таких небезызвестных актов, как Hour of Penance, Promaetheus Unbound и T. E. R. Спустя всего 5 месяцев со дня своего сотворения, группа выпускает свою первую промо-запись "Promo ‘07" (записано и сведено в 16th Cellar Studio при помощи продюссера Stefano "Saul" Morabito). Результат себя долго ждать не заставил - и группа подписалась с Neurotic Records.

Также два трека из промо были включены в 4-way сплит "Da Vinci Death Code", распространявшийся усилиями Spew Records. Следует отметить, что именно этот сплит представил команду широкой общественности и вызвал интерес к группе. В начале 2008 года группа активно выступала как в Италии, так и за её пределами, поддерживая таких грандов, как Behemoth, Origin, Dying Fetus, Hate Eternal, Suffocation, Napalm Death и многих других.

В мае 2008 года группа возвращается в 16th Cellar Studio, чтобы приступить к записи своего дебютного альбома "Oracles". Скопировано с Dark-World.ru. В декабре того же года было принято решение закончить сотрудничество с Neurotic Records и подписать сделку Willowtip Records, на которых легла ответственность за выпуск их дебютного альбома "Oracles". Таким образом, альбом, вышедший 30 марта 2009 года, распространяется в США и остальных частях света усилиями Willowtip Records, а контора Candlelight Records ответственна за выпуск диска в пределах Европы.

8 июня 2010 года вышло в свет EP "Mafia", который включил в себя четыре новых трека и кавер на песню "Blinded by Fear" группы At the Gates. В 2010 году текущий ударник Fleshgod Apocalypse Франческо Паоли был приглашен исполнять вокальные партии в свою бывшую группу. В этом же году к группе присоединяется новый музыкант - клавишник Франческо Феррини. Он нам известен по сессионному участию в записи "Oracles" и "Mafia".

В мае 2011 года группа подписывает контракт с немецким лейблом Nuclear Blast Records. 9 августа был выпущен второй полноформатный альбом под названием "Agony". Также вышла и версия альбома на iTunes, которая включила кавер на трек "Heartwork" группы Carcass.

Fleshgod Apocalypse отправляются в тур "Summer Slaughter Tour" по Северной Америке вместе с Whitechapel и The Black Dahlia Murder, а в конце года группа проедется по США вместе с поляками Decapitated. В январе 2012 года Fleshgod Apocalypse гастролировала по Великобритании с The Black Dahlia Murder и Skeletonwitch. В марте группа гастролировала по Южной Африке при поддержке местных дэт-метал-групп.

В 2013 году Fleshgode Apocalypse возвращаются с эпическим альбомом "Labyrinth". Это концептуальный релиз, основанный на древнегреческом мифе о кносском лабиринте.

Четвёртый полноформатный альбом итальянцев, "King", вышел в 2016 году. Его делюкс-издание включает оркестровые версии треков.