Father Befouled был основан в конце 2006 года Джастином Стаббсом и Джейсоном Макслоу. Ранние записи осуществлялись дистанционно между штатами Иллинойс и Джорджия. Демки того периода (позднее вылившиеся в мини-альбом "Profano Ad Regnum") были закончены группой в форме дуэта с запрограммированными ударными. Даже будучи сырыми и неупорядоченными, эти песни заслужили множество хвалебных отзывов в Интернете среди фанатов андеграундного дэт-метала. В конце 2007 года к группе присоединился Деррик Гулдинг на второй гитаре, после чего трио приступило к репетициям перед их первым появлением на публике на техасском ежегодном фестивале Sacrifice of the Nazarene Child в июне 2008 года.

Параллельно с подготовкой к шоу музыканты сочиняли песни для своего первого полноформатного альбома, "Obscurus Nex Cultus". Он был полностью самостоятельно записан Джастином и вышел в ноябре 2008 года на Gasmask Productions. Лейбл закрылся сразу после выпуска компакт-дисков, в результате чего альбом не получил должного распространения и является довольно редким.

В июле 2008 года группа приняла Майкла Дина на роль ударника и начала репетиции к новым выступлениям. Скопировано с Dark-World.ru. В это время Макслоу ушёл из группы, его место занял Джейк Кон. Песни для сплитов с Decrepitaph и Helcaraxe были записаны квартетом в начале 2009 года. В июне сорвавшиеся гастроли по Западному побережью привели к тому, что состоялись только два концерта в Техасе и сессия звукозаписи для семидюймового мини-альбома "Rotting Godless Throne". Авторы признали результаты трудов непригодными и уничтожили их.

В ноябре 2009 года Майкл Дин покончил с собой сразу после заключения контракта между группой и Relapse Pecords. Перед смертью он закончил дорожки трека "Profane Grace of the Trinity" для запланированной на Relapse серии семидюймовок. Father Befouled должны были делить пластинку с Cemetery Urn, с которыми они дважды выступали на одной сцене. Релиз так никогда и не вышел, но сотрудничество с Relapse было установлено. После самоубийства ударника группа приглашала Уэйна Сарантопулоса (Decrepitaph), Чеда Дэвиса (Hour of 13) и Пола Лидни (Profanatica) для завершения второй попытки записать "Rotting Godless Throne", выпущенного в конечном итоге в июле 2010-ого.

Уэйн Сарантопулос остался в коллективе на постоянной основе. Father Befouled отправились в студию для записи второго полноформатного альбома для Relapse. "Morbid Destitution Of Covenant" вышел в августе 2010 года и получил блестящие отзывы критиков, по итогам года попав в престижный рейтинг "40 лучших альбомов года" журнала Decibel. Выступление на последнем Sacrifice of the Nazarene Child Festival в октябре 2010 года стало концертным дебютом Сарантопулоса. Вскоре отношения группы с Relapse Records испортились и она заключила новый контракт с Dark Descent Records, который выпустил в 2011 году семидюймовый сплит с Demonic Rage.

В начале 2012 года был записан новый альбом "Revulsion Of Seraphic Grace", его выход совпал с первым появлением Father Befouled на фестивале Martyrdoom в июне того же года. Басист Джейк Кон ушёл из группы перед выступлением. На концертах его место занял близкий друг музыкантов Брайан Келли.

В период с 2012 по 2015 год активность команды была невысока. За это время вышел только сплит с Macabra, на котором Father Befouled были представлены старой песней "Profane Grace of the Trinity" с партиями покойного ударника Майкла Дина. В 2015 году Dark Descent Records выпустили "Enthroning Desolation" - компиляцию, состоящую из демо и редких треков со сплитов и концертов. С этим событием совпал короткий тур по Восточному побережью. Новым постоянным бас-гитаристом стал Рис Спенсер.

После выступлений в Тампе и Атланте Father Befouled вернулись в студию в августе 2016 года для записи первого за пять лет полноформатного альбома, получившего название "Desolate Gods".