Благодаря стараниям вокалиста Лорда Ворма и гитариста Стива Тибо в 1992 году в Монреале появилась экстрим-команда Necrosis, вскоре переименованная в Cryptopsy. В оригинальный состав также вошел басист Кевин Уигл, при участии которого было записано демо "Ungentle Exhumation". Работа произвела впечатление в дэтовых кругах и заинтересовала немецкий лейбл "Invasion Records". В 1994-м группа дебютировала с альбомом "Blasphemy Made Flesh", на котором продемонстрировала высокий уровень производства брутального металла. Следующая полнометражка вышла двумя годами позже.

За это время в коллективе прошел ряд кадровых замен, и состав теперь выглядел так: Лорд Ворм - вокал, Фло Монье - ударные, Джон Левассье - гитара и Эрик Ланглуа - бас-гитара. "None So Vile" стал настоящей классикой экстрим-метал благодаря ультраскоростным и в то же время сложным риффам нового гитариста. Кстати, в сопутствующем туре у Левассье появился ритм-напарник, Мигель Рой.

По окончании гастролей Лорд Ворм переквалифицировался в преподавателя английского языка, а его место занял американец Майкл ДиСальво. Стиль этого вокалиста заметно отличался от стиля Лорда и подходил больше для хардкора чем для дэта, поэтому часть фанатов Cryptopsy отнеслась к нему с подозрением. Скопировано с Dark-World.ru. Как бы то ни было, но летом 1997-го команда неплохо выступила на Milwaukee Metalfest XI и вскоре после этого обрела контракт от Century Media. Поддержка столь могущественного металлического лейбла дала возможность группе провести мировое турне в поддержку нового альбома и тем самым существенно расширить свою фан-базу. В итоге "Whisper Supremacy" разошелся тиражом в 50000 копий, что для дэтового коллектива являлось хорошим результатом.

Перед записью следующего диска Мигеля Роя сменил Алекс Оберн. Этот тип очень любил играть соляки и впоследствии вытеснил Левассье с должности главного гитариста. В 2000 году обновленный состав выпустил диск "And Then You'll Beg".

Как и две предыдущие работы, продюсировал альбом Пьер Ремиллард, однако саунд Cryptopsy несколько изменился. Экстрима стало чуть меньше, а вот сложность риффинга увеличилась. В августе 2001-го команда выступила на фестивале в Вакене, после чего подал в отставку ДиСальво. Майк решил посвятить себя семейной жизни, а на его месте материализовался Мартин Лакруа (экс-Spasme), чья манера исполнения находилась посредине между стилями двух предыдущих вокалистов. Впрочем, этот франкоговорящий товарищ не очень хорошо справлялся с английскими текстами, и после очередного тура и выпуска концертника "Non So Live" с ним пришлось распрощаться.

В конце 2003-го в родные пенаты вернулся Лорд Ворм, и группа продолжила гастролировать, нарезая круги по родной Канаде. Канадский тур 2004 года завершился концертом Cryptopsy 6 ноября на фестивале Trois-Rivieres Metalfest IV, с которого был снят DVD. Диск с этим шоу вышел в 2005 году.

31 января 2005 года Джон Левассье покидает группу. На концертах его заменяли Дэниел Монгрэйн и Кристиан Дональдсон, но на пятом студийном альбоме практически все гитарные партии исполнил Алекс Оберн. После американского тура "Back to the Worms" Монгрейн оставляет группу для того, чтобы сконцентрироваться на работе с Martyr.

Было объявлено, что готовится новый альбом Cryptopsy, который получил название "Once Was Not". Релиз альбома состоялся 18 октября 2005 года. В сентябре к группе присоединился новый туровый гитарист Кристиан Доналдсон из Mythosis. Группа отправилась в тур по Северной Америке вместе с Suffocation, Despised Icon и Aborted. Копии альбома были доступны на этих шоу. После короткой паузы музыканты отправляются в европейский тур с Grave, Aborted, Dew-Scented и другими, после чего они сразу же отправляются в Америку и Австралию. После состоялся второй тур по Европе, который включил Англию и страны Скандинавии. Кристиан Доналдсон становится постоянным участником группы.

Новый альбом изначально назывался "The Book of Suffering", он планировался как двойной альбом, но 23 апреля 2007 года Cryptopsy обявили, что Лорд Ворм уволен и они находятся в поиске нового вокалиста.

4 декабря 2007 года Cryptopsy открывают публике имя нового вокалиста: им становится Мэтт МакГачи, вместе с ним в состав группы была добавлена клавишница МэггиДюранд. С такими изменениями стиль группы изменился в сторону дэткора с использованием мелодичных элементов и чистого вокала. Таким составом был издан альбом "The Unspoken King", релиз которого состоялся 24 июня 2008 года. Альбом носил несколько металкоровый оттенок, в нём был задействован чистый вокал.

В начале февраля 2009 года гитарист Алекч Обёрн покидает ряды группы, объяснив это тем, что у него есть на то множество различных причин. Через несколько месяцев к группе присоединяется новый гитарист Юри Раймонд из монреальской Unhuman. Музыканты начинают писать новый материал для следующего альбома. Также Cryptopsy объявили, что будет выпущен трёхпесенный мини-альбом


25 мая 2011 года группа объявляет о том, что бывший гитарист Джон Левассье возвращается в группу. Однако, стало известно, что давний бас-гитарист Эрик Ланглуа решил сделать перерыв в своей карьере в Cryptopsy. Юри занимает его место бас-гитариста.

В таком составе группа собирается записать новый альбом, а также планируется выпуск трёхпесенного промо посредством лейбла Century Media. Группа сообщает, что новый материал зазвучит подобно тому, как это было когда-то однако не без новых веяний. При этом Раймонд написал в комментариях на канале группы на Youtube, что на этот раз обойдётся без использования чистого вокала, как это было на предыдущем альбоме.

В декабре этого же года Раймонд объявляет о своём уходе, а уже 15 января 2012 года коллектив представил публике нового бас-гитариста Оливера Пинара из групп Neuraxis, Vengeful. В обновлённом составе музыканты продолжили запись нового альбома, отправившись в канадскую студию Garage. Готовая пластинка получила одноимённое группе название и была выпущена музыкантами самостоятельно в сентябре 2012-го. В ноябре Century Media Records представили двухдисковый сборник лучших композиций команды под названием "The Best of Us Bleed". В 2012 году Раймонд присоединился к ребятам в качестве сессионного гитариста.