Cвоё начало группа берёт с конца 1995 года в Швеции. Изначально в коллективе было всего четыре человека: Johan & Andreas на гитарах, Pontus за барабанной установкой и Henric на басу. Основной проблемой было отсутствие вокалиста, он был найден только в 1997 году.

После нескольких месяцев репетиций Cipher System, в то время именовавшиеся как Eternal Grief, наконец-то вошли в студию, в результате чего увидела свет демо-запись "Path of Delight". На заглавный трек был снят видеоклип режиссёром Alex Hansson, работавшим также над клипами Soilwork "Rejection Role и In Flames - Trigger". Спустя некоторое время Cipher System получили ряд предложений с различных лейблов, но все они были отвергнуты по причине неподходящих условий.

В конце 1999 года Cipher System направились в Studio Fredman для записи своего второй демо-работы "Raped by Chaos", сведением которой занимался Anders Friden (In Flames). Группа осталась недовольна рядом моментов в продюсировании этой записи, и она отправилась на полку - собирать пыль. После этого гитарист Andreas и вокалист Dani покинули группу.

До весны 2001 года группа практически оказалась заморожена, до тех пор пока вместо второго гитариста они не взяли ответственного за электронные фишки и семплы. Им стал Peter, и во многом именно благодаря его усилиям вокалист Dani вновь вернулся в группу.

Теперь Cipher System с новыми силами вернулись к репетициям. После создания таких тем, как "Life Surrounds", "In Perfection" и "24 hours Left", Johan принял решение сосредоточиться исключительно на написании музыки, а ответственность за тексты была возложена на Henric'а. В тот самый день они и изменили своё название на Cipher System.

В 2002 году Cipher System активно работали: записали "Eyecon", который получил восторженные отзывы по всему миру; лейблы вновь прояви интерес к группе, но вновь ни один из контрактов не был подписан; взяли нового гитариста - им стал Magnus Ohlander.

В марте 2003 года Cipher System вернулись в Studio Fullmoon (Bestial Mockery, Grief of Emerald) для записи ещё нескольких треков: "SufferStream", "What If" и "Receive, Retrive and Escalate". Эти треки составили очередную демо-работу "Promo 2003".

В мае 2004 года Сipher System снова пересекли ворота Studio Fredman и наконец-то записали свой долгожданный первый полноценный альбом, озаглавленный "Central Tunnel 8". В июне того же года лейбл LifeForce Records выпускает сплит-альбом Cipher System совместно с коллективом By Night.

После нескольких лет молчания группа в период между 2010 и 2011 провела несколько месяцев в студии, чтобы записать новый материал. Альбом был сведен в студии Fredman. Скопировано с Dark-World.ru. Вскоре после этого работа над альбомом была окончена и было объявлено, что группа подписала контракт с Nuclear Blast, и альбом, который получил название "Communicate the Storms", будет выпущен лейблом 9 сентября 2011 года.