Басист Гевин Уорд (англ. Gavin Ward) и гитарист Барри Томпсон (англ. Barry Thompson) приняли решение о начале сотрудничества в сентябре 1986 года, когда в Ковентри встретились на панк/хардкор-концерте. Вскоре к ним присоединились ударник Эндрю Уэйл (англ. Andrew Whale) и вокалист Алан Уэст (англ. Alan West). Этот состав (поначалу игравший разновидность трэш-хардкора и находившийся под влиянием с одной стороны — Slayer, с другой — Crass и Discharge) в апреле 1987 года записал демо-пленку "In Battle There Is No Law", за которой последовала вторая кассета, "Concession of Pain" (сентябрь 1987).

Вскоре Гевин переквалифицировался в гитариста, и в качестве басиста был приглашен Алекс Твиди (англ. Alex Tweedy), который, правда, в студии не появился — Гевин сыграл партии обоих инструментов за него. Через две недели после завершения записи демо-пленки Твиди был заменён басисткой Джо Бенч (англ. Jo Bench). Этот состав записал первую Peel Session 3 января 1988 года. Вторая демо-пленка лишь утвердила легендарного ведущего Radio 1 Джона Пила в том, что перед ним группа выдающегося потенциала.

Радио-сессии повлекли за собой первый контракт с Vinyl Solution, на выпуск одного альбома. Незадолго до начала работы над дебютным лонгплеем основного вокалиста заменил водитель гастрольного фургона группы Карл Уиллетс (англ. Karl Willetts). В 1988 году вышел дебютный альбом, "In Battle There Is No Law", длившийся полчаса, - очень сырой и грубый в звучании и имевший прямое отношение к грайндкору.

Неудовлетворённые своим контрактом с Vinyl Solution (лейблом, тогда специализировавшимся исключительно на хардкоре и вяло раскручивавшим сочетание грайнд-дэт-панк-металла, в котором экспериментировала группа), Bolt Thrower перешли на Earache Records, где оказались рядом с такими грандами дэт-метала, как Carcass и Napalm Death. Стиль группы изменился, стал более скоростным и жёстким. Скопировано с Dark-World.ru.

Представители Games Workshop, услышав вторую Сессию у Пила (записанную 6 ноября 1988 года), предложили выполнить оформление обложки второго альбома. "Realm Of Chaos" (с подзаголовком "Slaves To Darkness") вышел в 1989 году и был почти полностью посвящён "военным" настольным играм: принято считать, что тут сказалось влияние Games Workshop, но в действительности Карл, Энди и Гевин увлекались этой разновидностью игр задолго до начала этого сотрудничества.

После выхода альбома группа отправилась в Grindcrusher Tour — вместе с товарищами по лейблу Napalm Death, Carcass и Morbid Angel. В мини-альбом "Cenotaph" вошла одна композиция ("Realm Of Chaos"), записанная в ходе этих концертов, два CD-бонуса из "War Master" и "Realm Of Chaos", а также новая композиция "Cenotaph".

22 июля 1990 года группа в третий и последний раз записалась на Би-би-си у Джона Пила, исполнив черновые версии песен, которые вошли в следующий альбом, а также "Lost Souls Domain" из "Realm Of Chaos".

Следующий альбом, "War Master", продолжил начатое в "Realm Of Chaos", но аранжировки здесь стали изобретательнее, а инструментальные партии — разнообразнее. Как и предыдущий, этот альбом был записан в студии Slaughterhouse, которая сгорела через две недели после того, как группа завершила здесь свою работу. Снова Games Workshop предложили группе оформить обложку, но из-за высоких расценок предложение пришлось отклонить. Оформил альбом бывший главный дизайнер Games Workshop, в результате чего получилось нечто, очень напоминавшее оформление "Realm Of Chaos". Для американского турне в поддержку альбома "War Master" группа наняла американский школьный автобус в качестве гастрольного фургона, зарядив салон множеством компьютерных игр.

В 1991 году на одном CD вышли все три "Peel Sessions".

В ходе работы над "The IVth Crusade" Bolt Thrower окончательно избавились от грайндкор-влияний, снизили настрой гитар и записала более медленные и тяжёлые песни. В мощном дэт-металлическом звучании группы появились мотивы doom metal (близкие к Candlemass). За альбомом последовало европейской турне — с польским дэт-метал-бэндом Vader и шведской дэт-метал группой Grave. Выпустив сингл "Spearhead" (куда были включены утяжелённый ремикс альбомного трека "Spearhead", два новых трека, а также "Dying Creed" из альбома), группа вылетела в США и Австралию.

В альбоме "…For Victory" (1994) группа частично вернулась к своим грайнд-корням, не забыв и про дум-влияния, хотя вокал зазвучал несколько иначе: в нём стало меньше гроулинга и больше хардкор-скриминга (особенно в "When Glory Beckons" и "Armageddon Bound"). После релиза из группы ушли Карл Уиллетс и Эндрю Уэйл. Американское турне оказалось не слишком удачным, и, вернувшиь домой, музыканты почувствовали, что гастролированием сыты по горло. Ограниченным тиражом вышел специальный выпуск альбома с Live CD-бонусом под названием "War" (иногда он называется "Live War"). После выхода альбома Уиллетса заменили Мартин ван Дрюнен (англ. Martin van Drunen) и Мартин Кирнс (англ. Martin Kearns).

В 1995—1996 годах Bolt Thrower провели два европейских турне. В 1997 году Мартин ван Друнен решил покинуть группу — отчасти из-за болезни (и связанного с ней выпадения волос), отчасти из-за того, что перестал ощущать себя частью коллектива. По крайней мере один концерт с Bolt Thrower отыграл давний друг группы Дэйв Инграм. Также ушёл и Кирнс: его заменил за ударными Алекс Томас (англ. Alex Thomas). В это время Bolt Thrower поменяли лейблы — с Earache перешли на Metal Blade Records.

8 сентября 1998 года в Европе вышел альбом "Mercenary" (в США релиз состоялся 10 ноября). Временно вернувшийся в группу Карл Уиллетс исполнил здесь вокальные партии; хардкор-влияния снова исчезли. Завершив работу над пластинкой, вокалист вновь покинул состав и группа пригласила Дэйва Инграма, к этому времени ушедшего из Benediction.

В ноябре 1998 года Earache Records выпустили Who Dares Wins, альбом старых записей, часть которых входила в "Spearhead" EP и "Cenotaph" EP. Участники Bolt Thrower сочли этот акт попыткой лейбла подзаработать на репутации группы и обратились к фэнам с просьбой не покупать альбом. После выхода альбома группа провела европейский тур Into the Killing Zone.

В 2001 году, вновь проведя короткий евротур (лишь пять концертов), Bolt Thrower приступили к работе над альбомом "Honour — Valour — Pride", который вышел в конце года на Metal Blade. В группу к этому времени вновь вернулся Мартин Кирнс, уладивший личные проблемы. Однако ушёл Алекс Томас, разочарованный общим направлением развития коллектива.

В 2004 году Bolt Thrower приступили к работе над материалом для следующего альбома. Планировалось, что он будет записан в мае, а выйдет на Metal Blade к концу года. Тем временем было подготовлено европейское и американское турне. Однако перед самым началом работы Дэйв Инграм по состоянию здоровья покинул состав. Группа отложила альбом и тур, занявшись поиском нового вокалиста. 18 ноября 2004 года было объявлено о возвращении Карла Уиллеттса.

В мае 2005 года началась запись альбома "Those Once Loyal". Он вышел в ноябре 2005 года (сначала в Германии) и получил выскоие оценки критиков (Rock Sound, Rock Hard, Metal Hammer). В январе и феврале 2006 году Bolt Thrower провели первый этап европейских гастролей, за которым последовали весенние концерты в Скандинавии и Испании. Из-за финансовых проблем концерты в США пришлось отменить. В 2007 году Карл Уиллеттс в интервью Metal Review рассказал, что BT работают над новым альбомом. Однако, позднее, в июне 2008 года, стало известно, что новый альбом откладывается на неопределённый срок из-за того, что музыканты остались недовольны материалом, который они написали. Однако это не означает, что группа окончательно распалась.

За пару лет коллектив дал множество концертов: в 2010-2011 гг. Bolt Thrower проехались по Европе, приняв участие во многочисленных фестивалях, а также дав ряд сольных концертов. Таким образом, группа остаётся на коне, спустя более чем 25 лет своей карьеры.

В сентябре 2015 года скончался барабанщик группы Мартин Кирнс.