Группа была образована в 1990 году братьями Кэванах в Ливерпуле, Великобритания. Инициатором стал старший брат Дэниел. Тогда группа носила имя Pagan Angel (англ. языческий ангел). В состав её входили братья Кэванах (гитаристы Винсент и Дэниэл и басист Джэми), вокалист Даррэн Уайт и ударник Джон Дуглас. В ноябре 1990 команда записывает своё первое демо "An Illiad Of Woes". Скопировано с Dark-World.ru. Для группы это была просто тренировка, они записывали демо исключительно для себя и своих знакомых. В это же время группа делает первые попытки выступлений, играя на разогреве у уже известных в то время дэт-команд Paradise Lost и Bolt Thrower. Тогда же название группы меняется на Anathema — "анафема", то есть "отлучение от церкви".

В июле 1991 г. записывается второе демо "All Faith Is Lost" (англ. Вся вера утеряна). Демо было известно уже не только в кругу друзей и близких, появились первые рецензии и оценки. Группой заинтересовалась звукозаписывающая студия Peaceville Records, и в 1992 году выходит сингл "They Die" на Witchunt Records. Группа впервые сталкивается с проблемами: состав покидает Джэми Кэванах, вместо него бас-гитаристом становится близкий друг братьев Дункан Паттерсон, с которым они работали в маленькой студии в Ливерпуле при записи демо. Авторами текстов были Дэнни и Дункан.

Летом 1992 г. группа начинает запись своего первого альбома. Несколько композиций из него предварительно выходят в виде мини-альбома "The Crestfallen" (англ. Павший духом). После записи "The Crestfallen" было проведено турне с американцами Cannibal Corpse.

Немного позднее, в феврале 1993 года, группа представляет и сам дебютный альбом "Serenades". Работа принесла группе известность за пределами родного города, критика приняла альбом положительными отзывами, а на американском канале MTV попал в ротацию клип на песню "Sweet Tears". Также "Serenades" попал на второе место чарта журнала Kerrang, а Metal Hammer назвали его альбомом месяца. Помимо "тяжёлых" композиций альбом содержал и хрупкую акустическую балладу "J’Ai Fait une Promesse" — первый опыт группы с женским вокалом, который впоследствии станет неотъемлемой частью музыки Anathema. После выпуска альбома группа начинает выступать с концертами в Великобритании и приобретает первый опыт выступлений.

В мае 1994 года к выходу готов мини-альбом "Pentecost III", но из-за проблем с звукозаписывающей студией Peaceville Records выпуск диска отложился на неопределённый срок. В начале 1995 года диск всё же выходит, в этом году вокалист Даррэн Уайт покидает состав группы (из-за творческих разногласий) и создаёт свою собственную группу The Blood Divine. Для группы снова наступают трудные времена, состав не меняется, а вокалистом становится Винсент Кэванах.

После ухода Уайта в группе начинаются большие перемены: изменяется звучание, группа постепенно отходит от традиционного дума. С каждым годом музыка становится всё более спокойной, появляются эксперименты с электроникой. Именно с этого времени Anathema всё чаще начинают сравнивать с Pink Floyd. Работой, ознаменовавшей кардинальную смену направления, стал альбом "The Silent Enigma", выпущенный в мае 1995 года. Многие критики считают его лучшей работой группы до настоящего момента.

В ноябре 1996 года выходит третий по счёту полноценный альбом - "Eternity". В работе над ним группа претерпевает наибольшее количество изменений за свою историю. При создании альбома возникли проблемы выбора студии, в которой будет происходить сведение записи, а также проблема сессионных музыкантов, приглашённых на запись. К записи был подключен клавишник Лес Смит из группы Cradle of Filth (пока лишь как сессионный музыкант), а для исполнения партий женского вокала была приглашена Мишель Ричфилд из группы Dominion. В 1996 группа выпускает также и первое официальное VHS видео "A Vision Of A Dying Embrace" с записью концерта, на котором исполнялись преимущественно композиции с альбома "The Silent Enigma". В том же году из-за проблем с наркотиками группу покидает ударник Джон Дуглас.

Четвёртая полноформатная работа группы, логично озаглавленная "Alternative 4", увидела свет в 1998 году и стала пиком творческой активности Дункана Паттерсона, написавшего значительную часть музыки и лирики.

В 2001 вышел очередной студийный альбом "A Fine Day To Exit". Вскоре после этого Пабс ушёл в Cradle of Filth. Концертным басистом кратковременно поработал Джордж Робертс, а затем в группу вернулся Джэми Каванах.

В 2002 Дэниэл объявил об уходе из группы, поскольку внутри группы возникли определённые проблемы во взаимоотношениях между участниками, а сам Дэниэл имел проблемы со здоровьем. В итоге Кэванах решил сосредоточиться на сольных проектах и работе с Antimatter. В следующем году он вернулся, и группа записала альбом "A Natural Disaster". Впоследствии Дэниэл извинился перед участниками группы за свой уход из группы и очень сожалел об этом, особенно о размещённом в сети Интернет объявлении, согласно которому он хотел совсем уйти из группы.

В 2004 года Sony BMG поглотила Music for Nations, в результате чего Anathema остались без лейбла. Несмотря на финансовые трудности, музыканты сумели записать несколько синглов, которые распространялись через официальный сайт группы, и в течение 2005—2007 годов периодически устраивать европейские турне. Тогда же вокалистка Ли Дуглас, сестра ударника, которая исполняла женские партии со времён "Judgement", стала постоянным участником группы. В середине 2006 года вышел второй DVD группы, "A Moment In Time", который был отснят во время мартовского концерта в Польше. В ходе турне исполнялись песни, записанные для нового, восьмого, альбома. Одновременно песни выкладывались на официальном сайте, где каждый фанат мог скачать их бесплатно или за добровольное пожертвование (первыми были выложены "Everything" и "A Simple Mistake").

Выход альбома неоднократно переносился и откладывался. Трек-лист и название "Everything" были анонсированы ещё в конце 2006 года. Затем название было изменено на "Paradigm Shift". В 2008 году было объявлено, что на лейбле Kscope выйдет сборник "Hindsight", который будет включать акустические версии старых песен и новую работу "Unchained (Tales Of The Unexpected)", а выход номерного альбома, уже под названием "Horizons", первоначально был намечен на конец года, но затем был перенесён на февраль 2009 года.

В марте 2010 Anathema наконец объявили о готовности нового студийного альбома. Диск, озаглавленный "We’re Here Because We’re Here", вышел 31 мая на Kscope Records.

5 сентября 2011 года выходит сборник под названием "Falling Deepper", куда вошли перезаписанные ранние композиции группы. В записи участвовал оркестр, а вокал на одном из треков исполнила сама Аннеке ван Гирсберген.

Вскоре, 13 сентября этого же года, на официальном сайте появилось сообщение о том, что пути группы и клавишника Леса Смита разошлись, причиной чего стали несостыковки в творческом плане. Поскольку Anathema активно выступает, то Леса будет временно заменяет Дэниэл Кардозо. Тем временем, стало известно, что уже половина материала для нового полноформатного альбома готова.