Концепция этого проекта сложилась у Сантьяго Доблса в 1995 году, когда он учился в музыкальной школе в Беркли. В команде тогда было всего двое человек – Сантьяго играл на гитаре, а на басу бренчал Энди Делюка, еще один студент из Беркли. Однако до 1997 года ничего значительного не происходило, пока парни не перебрались в Майами, где состав Aghora значительно расширился. Место у микрофона заняла сестра Доблса, обладательница классического меццо-сопрано, Даништо Ривера. Эта девушка начала петь еще в восемь лет, имела музыкальное образование и обучалась джазовому вокалу.

Двумя другими членами проекта стали дэт-метал гитарист Чарли Экендал (ex-Mendacity) и ветеран таких команд, как Cynic, Death и Gordian Knot барабанщик Шон Рейнерт. Образовавшийся квинтет записал пару демок и начал присматриваться, кого бы заинтересовать своей музыкой. Благо, интернет на тот момент уже существовал, и поэтому любители прог-металла смогли узнать о новой группе без особых проблем.

У Aghora появились свои поклонники, которые с нетерпением ожидали выхода дебютной пластинки. Музыканты же, почувствовав свою востребованность, в 1999 году отправились в студию и приступили к работе над альбомом. Скопировано с Dark-World.ru. Как раз в это время Энди Делюка был вынужден уйти из группы, а его место занял еще один бывший "циник" Шон Малон. Новый басист стал также сопродюсером альбома, а основную продюсерскую работу выполнили Доблс и Дэн Эскауриза. Диск "Aghora" вышел в марте 2000 года на собственном лейбле Сантьяго, Dobles Productions. Когда альбом увидел свет, многие стали проводить параллели Aghora с Cynic.

Однако дело выглядело не совсем так. Хотя в записи пластинки и участвовали два "циничных" парня, а сам Доблс являлся давним поклонником их первой группы, Сантьяго сумел предложить новый взгляд на видение прог-металла, добавив в музыку Aghora джазовые и восточные элементы. На пластинке также чувствовались влияния Алана Ходсворта, Mahavishnu Orchestra и Стива Вэя.

Спустя некоторое время после релиза стало ясно, что Малон потерял интерес к данной команде и сосредоточился на других проектах. Рейнерт тоже не стал долго задерживаться в составе и уехал в свой родной Лос-Анджелес. Однако группе хотелось поиграть живьем, поэтому через некоторое время Aghora обзавелись новой ритм-секцией в лице Алана Голдштейна (бас) и Ричарда Комаца (ударные). К сожалению после нескольких концертов Ричард по состоянию здоровья был вынужден уйти из группы. На этот раз поиски ударника заняли целый год и только в 2004-м за установку уселся Ян Хэйес, которого удалось перехватить на прослушивании у Dimmu Borgir.

Однако на этом кадровые проблемы у Aghora не закончились, поскольку тоже из-за болезни ушел Экендал. Затем куда-то исчез Комац, а на его место вернулся Делюка. Когда все эти перестановки были пройдены, группа, наконец, смогла приступить к работе над вторым альбомом с рабочим названием "Formless". Релиз альбома состоялся в декабре 2006 года на Dobles Productions.

В 2007 году группа подписывается на Season Of Mist, который ещё раз выпускает "Formless" в мае 2007. После ряда концертов и выступлений на фестивалях Aghora начинает работу над новым альбомом, релиз которого был запланирован на начало 2009 года. Однако, по неизвестным причинам полноформатник так и не вышел.