Летом 1999 года четыре музыканта, Tommy Dahlström, Zeb Nilsson, Johan Hjelm и Arttu Malkki, из недавно распавшейся группы Defaced Creation решили создать новую дэт-метал-группу. Ребята задумали писать музыку, вовлекая в неё новую и необычную атмосферу вместо традиционного олдскульного стиля звучания (несмотря на то, что корни команда берёт именно от традиционного олдскульного дэта).

Позже Morgan Nordbakk присоединился к новообразованной группе в качестве гитариста. На протяжении осени этого же года группа записывает своё первое демо, которое включает такие песни, как "Return of Apolluon", "Eternal Hate", "With Blood they Pay", "The Awakening", "Bloodlust" и "Hell Unleashed". В мае 2001 года все шесть треков с этого демо были изданы лейблом Necropolis Records в качестве мини-альбома под названием "Dark Order". Эта работа была мгновенно распродана, и даже до сих пор ею интересуются многие поклонники жанра. Скопировано с Dark-World.ru.

Позже в этом же году Morgan Nordbakk оставил группу, а на его место пришёл Daniel Dlimi (ex-Equinox ov the Gods). Daniel начал экспериментировать в качестве композитора, что хорошо сказалось на творчестве группы. Летом 2002-го команду вновь ждали перемены в кадрах: барабанщик Arttu Malkki ушел из Aeon и был замещён Nils'ом Fjellström'ом.

Коллектив начал активно работать над материалом для своего дебютного полноформатного альбома. Осенью 2003 года Aeon начали запись "Bleeding the False", который был издан 20 сентября 2005 года на Unique Leader. Альбом так же, как и его маленький предшественник, оказался популярным среди поклонников и тематических средств массовой информации.

В апреле 2006 года группа приняла участие в европейском туре вместе с Cannibal Corpse, что достаточно продвинуло коллектив. В июле Aeon подписали контракт с Metal Blade Rec, а в сентябре к Aeon присоединился Max Carlberg в качестве басиста. В апреле 2007-го группа записывает альбом "Rise to Dominate", и в сентябре он издаётся на Metalblade Records. В 2008 году группа начинает работу над материалом для своего третьего полноформатного альбома, озаглавленного "Path of Fire". Также группа подписывает ряд контрактов с фирмами Schecter Guitars и Hamm & Nilsson.

В январе 2009 года музыканты дают концерты в Европе в компании с Hate Eternal, Misery Index и See You Next Tuesday, после чего они продолжают работу над новым альбомом. В сентябре пути Aeon и басиста Max'а Carlberg'а расходятся. На его место приходит Victor Brandt, с которым группа записывает свой анонсированный альбом.

В ноябре этого же года Aeon выступают в качестве поддержки у Mayham в шведской части тура последних под названием 25 Years of Chaos. В ноябре 2010 года в группу вновь возвращается ударник Arttu Malkki, который является также одним из её основателей. В январе Aeon покидает басист Виктор, и его заменяет Marcus Edvardsson. В апреле 2011 года группа отправляется в короткий европейский тур вместе с Cerebral Bore и Flyed Disciple.

Летом 2012 года музыканты сообщили о том, что уже начали писать материал для нового альбома, а в сентябре было обнародовано его название - "Aeons Black". Релиз альбома запланирован на 20 ноября 2012 года посредством лейбла Metal Blade Records. Запись альбома производилась в шведской студии Empire, его сведением и мастерингом занимался Ронни Бьёрнстрём. Сразу после этого музыканты отправились в турне по Европе, которое охватило Швецию, Ирландию, Великобританию, Швейцарию, Австрию и Германию.

В начале 2013 года группа сообщила о том, что ударник Malkki, желая посвятить себя семье, в частности двоим новорождённым близнецам, решил сделать перерыв в работе с Aeon. Его место временно занял Emil Wiksten, дебютировавший в Лондоне 16 января, после чего было решено оставить музыканта в команде на постоянной основе.

Летом этого же года группа отправляется покорять Японию, а затем США и Канаду в рамках тура The Summer Slaughter 2013.