На протяжении лета 1999 года четыре участника Tommy Dahlström, Zeb Nilsson, Johan Hjelm и Arttu Malkki из недавно распавшейся группы Defaced Creation решили создать новую death-metal группу, которая должна была создать более новую и необычную атмосферу вместо традиционного олдскульного стиля (несмотря на то, что корни были именно от традиционного олдскульного дэта).

Позже, Morgan Nordbakk присоединился к новообразованной группе в качестве гитариста. На протяжении осени этого же года группа записывает своё первое демо, которое включает такие песни, как “Return of Apolluon”, “Eternal Hate”, “With Blood they Pay”, “The Awakening”, “Bloodlust” и “Hell Unleashed”. В мае 2001 6-й трек с этого демо был издан в качестве MCD под названием “Dark Order” на Necropolis rec. “Dark Order” был мгновенно распродан и даже до сих пор им интересуются многие поклонники.

Позже в этом году Morgan Nordbakk оставил группу и был замещён Daniel Dlimi (ex Equinox ov the Gods). Дэниэл начал экспериментировать в качестве писателя песен для группы – это хорошо сказалось на творчестве группы.

Летом 2002 группу вновь ждали перемены в кадрах: барабанщик Arttu Malkki ушел из Aeon и был замещён Nils'ом Fjellström'ом. Группа начала активно работать над материалом к их дебютному альбому.

Осенью 2003 Aeon начали запись “Bleeding the False”, который был издан 20 сентября 2005 года на Unique Leader. Альбом также оказался популярным среди поклонников и медиа.

В апреле 2006 группа приняла участие в европейском туре вместе с Cannibal Corpse, что достаточно продвинуло группу. Скопировано с Dark-World.ru. В июле группа подписала контракт с Metal Blade rec. В сентябре к Aeon присоединился Max Carlberg в качестве басиста. В апреле 2007 группа записывает альбом “Rise to Dominate” и в сентябре альбом издаётся на Metalblade Records.

В 2008 группа начинает работу над материалом для своего третьего полноформатного альбома “Path of Fire”. Также группа подписывает ряд контрактов с Schecter Guitars и Hamm & Nilsson.

В январе 2009 группа даёт концерты в Европе под названиями "Hate Eternal", "Misery Index" и "See You Next Tuesday", после чего они продолжают работу над новым альбомом.

В сентябре пути группы и басиста Max'а Carlberg'а расходятся. На его место становится Victor Brandt, с которым группа записывает свой анонсированный альбом. В ноябре Aeon выступают в качестве поддержки у Mayham в их шведской части тура “25 years of chaos”. В ноябре 2010 года в группу вновь возвращается за ударные Arttu Malkki, который является также один из её основателей. В январе Aeon покидает басист Виктор и его заменяет Marcus Edvardsson.

В апреле 2011 года группа отправляется в короткий европейский тур вместе с Cerebral Bore и Flyed Disciple.